流派によって対処法が異なりますが、多くは「すぐ瞑想をやめて休憩する」と教えているところが多いように思います。

それはそうで、間違った瞑想をしていたらいけないのですぐに休憩すべきということもありますし、団体とかですと何か変なことになったらいけないので休憩しなさい、瞑想を（一時的に）やめなさい（休憩しなさい）、と教えていることもあります。

ですけど、実際のところ、瞑想をやめても不快感などがずっと続く場合もあり、それよりは、不快感があろうとそのまま瞑想を続けてしまった方が素早く不快感が解消することの方が多いように思います。

時間的制約などで不快感が十分に解消されないこともありますけど、割と大体の場合は時間で解消できて、瞑想をそのまま続けると、時間が１時間とかもっとかかる場合もありますけど、割と瞑想そのもので解消されます。

最初は調子が良くても途中で急に不快感が出てきたりすることもありますが、原因にもよりますけど例えば体のエネルギーのルート（ヨーガでいうナディ）がうまく通らない場合に不快感が出てきしまった場合は特に瞑想でないと問題はなかなか解消しにくくて、であれば、不快であろうとそのまま瞑想を続けて体のナディを調整してしまった方がいいわけです。

一方、トラウマあるいは雑念に囚われてしまうような場合は瞑想を一旦休止して休憩した方が良くて、それは時と場合によりますね。この場合は不快感ということもできますけど不快感というよりはトラウマあるいは雑念そのものですので、この場合はすぐに休憩してしまって良いわけです。そして、休憩したらまた再開すればいいわけです。

一方、エネルギー的な不快感の場合は休憩してもなかなか回復しませんので瞑想で身体中のナディを活性化させてエネルギーを高めることが必要になってきて、そうであれば、不快であってもそのまま瞑想を続けてしまった方が回復が早いわけです。このようなエネルギー的な不快感は横になって休んでも寝てもなかなか回復しないこともありますが、瞑想であれば割と１５分とかで回復する時もあります。普段の調子がいい人の場合で不快感が現れた場合、大抵の場合はどこか一箇所が詰まっているとかその程度ですので、すぐに治ります。一方、ずっと不快感が続いて体の調子が良くなったことがないような人であればなかなか時間がかかりますけど、そうであっても、休憩するよりは少しずつ瞑想をした方が体の調子は早く良くなるわけです。

ですので、基本は、瞑想で不快感を感じたらすぐに瞑想をやめて休憩する、というところではあるのですけど、実際はそうではなく、かといって団体とかで教えていると受講生に「そのまま続けなさい」ということも難しいですので「休憩しなさい」とか言いますけど、そこから先は受講生の自己判断になってしまうわけです。

弟子と師匠（グル）とかの関係ですともっと深い理解と繋がりがありますから弟子に「（不快感があっても）瞑想を続けなさい」と指示したりもしますけど、まあ、それであっても昨今の事情を見ると弟子に命令できるグルというのはなかなか少なくなっているのかもしれませんね。

であれば、自分で判断してやっていくしかないわけですけど、瞑想教室で「不快感が現れたらすぐに瞑想をやめる（休憩する）」と教えられていたとしても、それはケースバイケースだということは頭の片隅に置いておいても良いとは思います。